《坂本日常》再度登场，迎来新战斗、新危机，还有更多的肉包。
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
平平无奇的少年陈平被父亲送入满是天才的超能学院，却成为了最弱职业卡牌师，直到某日陈平进入从小就多次梦见的原界，得到神秘人的指点，发现卡牌师并非最弱辅助职业，从此他的人生得到巨大改变。
凡多姆海恩家族的宅邸内百花齐放，黑执事塞巴斯蒂安•米卡利斯（小野大辅 配音）进退有节，优雅矜持地招待来访的客人。而庄园的主人夏尔（坂本真绫 配音）则在田中（藤村俊二 配音）、梅琳（加藤英美里 配音）、菲尼（梶裕贵 配音）等仆从的环绕下度过平凡舒适的每一天。这一日，夏尔收到了维多利亚女王的来信。信中称名叫诺亚方舟的马戏团即将巡回来到他们所在的城市，而该马戏团所到之处必然会发生儿童失踪事件。作为“女王的看门狗”，夏尔责无旁贷担负起调查的重任。几经周折，夏尔和塞巴斯蒂安成功混入马戏团，他们在这里见到了各种各样生活在底层的可怜人，同时也发现了寻常难以察觉的可怕黑幕……
