继53年之后的DCⅡ的故事顺利落下了帷幕之后，如今时间轴再一次回到了最初代的时间之前。芳乃樱是一位元气活泼的小学三年级女生，每天和好友朝仓纯一与白河小鸟一起到风见学园上学，不过在她的身上却有着大家不为人知的秘密……
故事发生在钟之音学园中，数百年来，这所学园都只允许女性踏足，是男性们的禁地，但随着时代的发展和进步，人们的观念也在发生着变化，终于，钟之音学园打开了校门，开始招收男性学生，这一消息让整天都和同性待在一起的女生们不禁兴奋满满，对于究竟是怎样的人将成为她们的同僚感到十分好奇。、 高崎佑介（武内健 配音）是第一批进入学校就读的学生之一，然而他却并不是女孩子们所想象的那样文质彬彬，正相反，他有着非常不堪的黑历史！高崎的出现带给了千岁绿（中山真奈美 配音）不一样的感觉，这种奇异的感觉源自几千年前的一个传说。
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
