曾几何时，世界上突然出现无数身形庞大的巨人，普通人类的生命受到前所未有的威胁。为了保护自身安全，最后的人类筑起三座高墙：玛莉亚、露丝和希娜。人类迎来了长达一个世纪的和平岁月，却也让自己成为圈养在笼中的鸟儿，屈辱地失去自由。845年，高达60米的超大型巨人和铠之巨人登场， 摧毁了最外层的玛莉亚之壁，也惊醒了人类似乎永远不会苏醒的长梦。在此事件中，不愿蜷缩在墙内的少年艾伦·耶格尔（梶裕贵 配音）亲眼目睹母亲遇害，由此更坚定了他加入调查兵团的决心。在此之后，艾伦和青梅竹马三笠·阿克曼（石川由依 配音）、好友阿尔敏·亚鲁雷特（井上麻里奈 配音）加入第104期训练兵团，发誓成为足以消灭所有巨人的英勇战士。百年的和平结束，人类和巨人的战争再度拉开序幕……本片根据谏山创的同名原作改编。
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
萌宝战警经历万难终于在第三季结尾得到了“生命能源”后，却在最后一次穿越返家回程中，被世星大帝篡改了时空之门，萌宝战警和铁算盘一同被传送到了距离地球1500光年的虫族霸格星，这是一颗和世星同处泰比星系的星球，被噬星大帝垂涎已久。而铁算盘成功的改进并控制了蚁族的进化系统，这迫使铁算盘和掌握开启虫洞“钥匙”的世星大帝继续合作。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
Manbou 是一家时尚的御好烧餐厅，位于充满青春和希望的朝日野町购物区。商店的招牌女孩八重子 (昵称 Yakko) 与她的江户光父亲住在一起，是一个孝顺的女儿，白天在商店帮忙，晚上去上高中。隔壁镇上的一间公寓里住着一对兄弟，Tsuyoshi 是一名有着网状头发的大学生，Hashizo 是一名有着蓝色卷发的五岁男孩，他们还有一只名叫 Giuliano 的肥猫。有一天，桥三和朱利亚诺去了刚警告过他们不要去的朝日野镇，但他们迷路了，最后还被雨淋了。当时，八重子正与一位名叫佐见的大学生亲密地聊天，后者在商店里将一位顾客的头发染成了紫色，于是八重子的父亲对她喊道：“小心汽车和男人！”并让她出去买食材。然后，他在建筑工地的排水管里避雨时遇到了桥藏和朱利亚诺，由于八重子的善意帮助，桥藏完全爱上了她。刚和佐藤美都是染发的，他们是最好的朋友，就读于同一所大学，为了打工，他们组建了一支摇滚乐队。当八重子带着桥藏和朱利亚诺回到商店时，八重子的父亲听到了他们的人生故事，非常感动，便特意去帮助他们，两人也成为了好朋友。一天晚上，雨过后，八重子带着桥藏和朱利亚诺回到了他们的公寓，但意识到自己上学要迟到了，于是便匆匆离开了。
文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵
啊呀呀骷髅大侠来啦！
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