《露珠日记》讲述的是一群三英寸高的家庭仙女，或是童话世界中的露珠，他们住在“大城市”中褐石阳台花园上的小仙女屋里他们被指派到人类家庭中，秘密地帮助房子周围的人处理一些经常会从裂缝中掉下来的小东西，比如确保你的第一颗牙齿在睡觉前放在枕头下，或者确保你最喜欢的玩具不会落在公园里。
顺利升入高中的少年富樫勇太（福山润 配音）在初中时代曾是暗黑系的中二病患者，当年他自称黑炎之主人，自我感觉良好地度过了无厘头的中学生活。但是此刻他“痛改前非”，将这段经历看作不堪回首的耻辱过去，为此甚至不惜报考一个离家很远没有人认识自己的高中。在新的学校，勇太如愿以偿结 交了一色诚（保志总一朗 配音）、丹生谷森夏（赤崎千夏 配音）以及学姐五月七日茴香（浅仓幸美 配音）这样稍显正常的朋友，也准备和心仪的女孩大谈一场浪漫恋爱。但是令他备为挠头的是，楼上新搬来的住户兼同班同学小鸟游六花（内田真礼 配音）却是一个中二病的深度患者。小女孩每天唧唧歪歪，怪力乱神。好不容易摆脱初中阴影的勇太，高中恋爱之梦日渐飘渺……
